2006年，中央水利建设年度投资规模达到298.71亿元, 比上年增加27.13亿元, 增幅为10%。其中，中央预算内投资158.79亿元，占中央水利总投资的53.2%，比上年增加86.6亿元；国债专项资金129.42亿元，占中央水利总投资的43.3%， 比上年减少58.94亿元； 水利建设基金10.5亿元，占中央水利总投资的3.5%，比上年减少0.5亿元。